Nozaru padomju uzdevums ir izvērtēt izglītības inovāciju projektu un mūža stipendiju pieteikumus, pieņemt lēmumus par priekšlikumiem tos pieņemt vai noraidīt un izvērtēt fonda ziņojumus par projektu īstenošanas gaitu.
Izglītības inovācijas fondā darbojas četras nozaru padomes:
- Eksakto zinātņu nozares padome,
- Humanitāro zinātņu nozares padome,
- Sociālo zinātņu nozares padome,
- Kultūrizglītības nozares padome.